조선시대(朝鮮時代) 제주지방 통치의 중심지였던 제주목(濟州牧) 관아는 지금의 관덕정(觀德亭)을 포함하는 주변 일대에 분포해 있었으며, 이미 탐라국(耽羅國)시대부터 성주청(星主廳) 등 주요 관아시설(官衙施設)이 있었던 곳으로 추정되고 있다.
관아시설은 1434년(世宗 16) 관부(官府)의 화재로 건물이 모두 불 타 없어진 뒤 바로 역사(役事)를 시작하여 그 다음해인 1435년에 골격(骨格)이 이루어졌으며, 조선시대 내내 중·개축(重·改築)이 이루어졌다. 그러나 제주목 관아는 일제강점기(日帝强占期) 때 집중적으로 훼철(毁撤)되어 관덕정을 빼고는 그 흔적을 볼 수가 없었다.
제주시에서는 탐라국 이래 조선시대에 이르기까지 제주의 정치·행정·문화의 중심지 역할을 해왔던 제주목 관아를 원래의 양식(樣式)으로 복구(復舊)하고자, 1991년부터 1998년까지 4차례 발굴조사(發掘調査)를 마친 결과, 탐라시대부터 조선시대에 이르기까지의 여러 문화층(文化層)과 함께 문헌상(文獻上)에 나타난 중심 건물인 홍화각(弘化閣)·연희각(延曦閣)·우연당(友蓮堂)·귤림당(橘林堂) 등의 건물터와 유구(遺構)가 확인되고 유물(遺物)도 출토되었다.
1993년 3월 30일에 제주목 관아지 일대가 국가사적(國家史蹟) 제380호로 지정되었고, 발굴과정에서 확인된 초석·기단석(礎石·基壇石) 등을 토대로 하고, 『탐라순력도(耽羅巡歷圖)』와 『탐라방영총람(耽羅防營總覽)』 등 당대(當代)의 문헌(文獻) 및 중앙문화재위원·향토사학가·전문가 등의 고증(考證)과 자문(諮問)을 거쳐 관아지 복원(官衙址 復元) 기본설계를 완료하였다. 특히, 제주역사의 정체성(正體性)과 중심을 설정하는 이 뜻깊은 복원사업에 소요되는 기와 5만여 장 전량(全量)을 헌와(獻瓦)해 준 30만 제주시민의혼(魂)을 담은 사업이기도 하다.
민관(民官)이 합심하여 복원하게 된 이 장대(壯大)한 제주목 관아는 20세기를 마감하는 1999년 9월에 시작하여 새로운 세기인 2002년 12월에 복원(復元)을 완료하였다.