리조트와 함께 헬스 클리닉, 스파 파빌리온을 운영하는 곳이다. 리조트에 묵으며 건강 프로그램에 맞춰 휴양을 하거나 따로 스파를 찾아 레인보우 아로카야만의 서비스를 받을 수도 있다. 리조트에 묵는다면 건강 체크와 스파 뿐만 아니라 건강 식단 등을 즐기게 된다. 스파만 받는 경우에도 레인보우 아로카야에서는 혈압 체크와 전문가 상담 등 간단한 검사를 잊지 않는다. 고객의 건강 상태에 따라 스파를 실시하려는 배려다.
레인보우 아로카야에서 가장 인기 있는 스파 프로그램은 치 샌드 스파Chi Sand Spa다. 바스Bath에 누우면 붉은 화산석을 온몸에 덮어주는데 금세 땀이 쏙 빠지며 긴장이 풀리는 듯하다. 실제 치 샌드 스파는 몸 안의 독소 배출과 릴렉싱, 체중 조절 등에 탁월한 효과가 있다고 한다.