중소기업 지원 업무를 담당하는 중앙행정기관. 1960년 7월 1일 상공부 공업국 중소기업과로 출발했으며, 1968년 7월 24일 중소기업국으로 확대 개편했다. 1996년 2월 9일 통상산업부 산하 공업진흥청을 폐지하고 통상산업부의 중소기업국을 확대해 차관급 외청인 중소기업청을 신설했다. 당시 본청은 청장과 차장 아래 1관 5국 10과 7담당관으로 구성됐고, 소속기관으로 국립기술품질원과 11개 지방중소기업청(7개 중소기업사무소 포함)을 두었다.

1998년 2월 2일 지방중소기업사무소의 명칭을 지방중소기업청(1급 지청과 2급 지청으로 구분)으로 통일했다. 1999년 5월 24일 국립기술품질원을 산업자원부로 이관했다. 2005년 1월 17일 대ㆍ중소기업 간 협력 증진과 중소기업 구조개선의 효율적 추진을 위해 기업협력과와 구조개선과, 재래시장육성 전담조직인 재래시장소기업과와 산학협력과 등을 설치했다.

설립목적은 체계적이고 효율적인 중소기업 지원체계를 구축하고 중소기업의 경쟁력을 높이는 것이다. 주요 업무는 중소기업 육성시책 수립, 벤처기업 및 벤처캐피탈 육성, 중소기업 수요기반 확충, 소상공인ㆍ여성기업 지원 및 전통시장 활성화 등이다. ‘2만불 시대를 열어가는 작지만 강한 혁신형 중소기업 육성!’이라는 정책목표 아래 창업과 퇴출이 원활한 기업 환경의 확산, 창조적 혁신능력 배양, 경쟁촉진형 성장기반 확충, 동반성장을 통한 양극화 완화 등을 중점 이행과제로 추진 중이다.

조직은 청장(차관급)과 차장 아래 1관(기획조정관), 5국(중소기업정책국 소상공인정책국 창업벤처국 경영지원국 기술혁신국), 24과 등으로 구성됐다. 청장과 차장 직속으로 대변인, 감사담당관, 운영지원과를 두고 있다. 소속기관으로는 11개 지방청(서울, 부산ㆍ울산, 대구ㆍ경북, 광주ㆍ전남, 경기, 인천, 대전ㆍ충남, 강원, 충북, 전북, 경남), 3개 사무소(울산 경기북부 충남)가 있다. 2011년 3월 현재 본청에 288명, 지방청 410명 등 약 700명의 공무원이 근무하고 있다.