금융감독원은 금융기관을 감시하고 감독하는 업무를 주력으로 하는 특수기관이다. 국내 금융정책을 총괄하는 금융위원회의 지시를 받아 금융 현장에서 금융기관을 관리, 감독하는 일을 맡고 있다. 금감원이라는 약칭으로 불리기도 한다. 금융감독원이 처음 세워진 것은 1999년이다. 금감원이 세워지기 전까지 금융기관을 관리하는 업무는 은행감독원, 증권감독원, 보험감독원 등으로 나뉘어 있었다. 정부와 국회는 이 같은 감독 체계가 비효율적이라고 판단하고 1997년 ‘금융감독기구의 설치 등에 관한 법률’을 제정했다. 새 법에 따라 1998년 기존의 세 감독기관에 신용관리기금을 더해 모두 4개 기구를 통합하는 안이 확정됐다. 1999년 통합 금융감독원이 출범하면서 은행, 보험, 증권 등 분야별로 감독하던 체제가 인허가, 감독, 검사, 제재 등 각 기능별로 업무를 진행하는 시스템으로 바뀌었다.

주요 업무는 △금융회사의 감독과 검사 △자본시장 감독 △회계 감독 △금융소비자 보호 활동 △국제협력 및 교류 등이다. 은행, 증권, 보험사 등 금융회사의 인허가를 맡고 있으며 이들 금융기관의 재무 건전성을 감독하는 기능을 한다. 또 감사보고서의 회계 기준을 마련하고 불공정 거래를 적발하는 업무를 맡는다. 금융 분쟁을 조정하고 금융위원회 등 상위 기관의 업무를 돕는 일도 병행한다. 상장기업들이 경영 상황을 공개하는 전자공시시스템(dart.fss.or.kr)도 운영하고 있다. 감독서비스총괄본부, 금융투자업서비스본부, 전략경영지원본부, 소비자서비스본부, 중소서민금융업서비스본부, 은행업서비스본부, 보험업서비스본부, 기업공시본부, 자본시장조사본부, 회계서비스본부 등 10개의 본부로 조직이 구성돼 있다. 2008년 금융감독위원회가 금융위원회로 바뀌기 전까지는 금융감독위원장이 금융감독원장까지 겸직하는 것이 일반적이었으나 금융위원회 출범 이후 겸직이 금지됐다. 소비자들의 금융 민원 접수와 각 지방 금융기관의 원활한 감독을 위해 부산, 대구, 광주, 대전 등 4개 지역에 지원을, 전주, 춘천, 제주에는 출장소를 두고 있다. 또 뉴욕과 런던, 도쿄, 베이징 등 8곳의 해외 도시에서 사무소를 운영 중이다.