증권거래법에 따라 설립된 준정부기관으로서, 주식이나 채권 등 유가증권의 집중 예탁업무를 담당하는 유가증권 중앙집중예탁기관이며, 기관투자가(외국인투자자 포함)와 개인투자자가 보유한 주식·채권 등의 유가증권을 종합 관리한다.

1974년 12월 한국증권대체결제주식회사로 출범하여, 1983년 1월 유가증권 집중예탁제도를 본격적으로 실시하였고, 1994년 4월 25일 증권예탁원으로 바뀌었다. 그후 2005년 1월 증권거래법이 개정되면서 증권예탁결제원으로 변경되었다. 2008년 2월 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행과 함께 한국예탁결제원으로 명칭을 변경하였다.

증권 등의 집중예탁이란 실물 대신 발행 및 결제 등의 권리 행사를 장부상으로 할 수 있게 함으로써 실물 이동에 따른 물류비용이나 분실위험 등을 줄이기 위한 제도인데, 매매거래의 결제를 위하여 대량의 증권 등의 실물을 이동시켜야 하는 불편을 해소할 수 있다.

주요 업무는 유가증권 집중예탁(일괄예탁) 및 계좌간대체 업무, 유가증권시장/코스닥시장, 장외시장 결제업무, 국제간 예탁 및 계좌대체업무, 유가증권 대차거래업무, 명의개서대리인업무 등이다.

자본금은 2002년 말 현재 180억 원이며, 주주는 증권 유관기관 4개사, 증권회사 36개사, 은행 14개사, 보험회사 19개사, 종합금융 20개사 등 94개사이다. 2002년 말 현재 증권예탁원이 관리하고 있는 유가증권의 시가총액은 총 553개 기관투자가(외국인투자자 포함)와 355만 개인투자자가 보유한 주식·채권 등 약 900조 원이다.

증권예탁원의 외부 감독기관으로는 재정경제부·금융위원회·금융감독원이 있다. 재정경제부는 사장 선출 승인 및 정관변경 인가권을 가지고 있으며 금융위원회는 업무규정의 제정·개폐보고권을, 금융감독원은 업무 및 재산상태 검사권이 있다.