1968년 해상운송 부문의 전문가와 기술자를 양성하기 위해 함경북도 나진에 설립된 해운대학에서 출발했다. 1997년 나진해운대학으로 교명을 변경했다. 나진과 선봉을 합친 항만도시인 나선시에 있다. 나선시는 1991년 자유경제무역지대가 설치된 이래 북한에서 시장경제를 실험하는 대표적인 장소가 되었다.
2000년을 전후해 북한은 경제특구로 지정된 나선시에 외국 자본를 유치하고 투자환경을 조성하는 데에 관심을 쏟아 나진해운대학을 나진대학으로 개편했다. 이후 경제특구의 행정관리, 자금관리, 세제, 투자진흥, 해외무역, 정보기계화 등에 대한 교육을 실시해 해양 분야뿐만 아니라 경영 분야의 전문인력을 양성하고 있다.
항해학, 선박기관학, 선박전기공학 계열 등의 학부가 있으며, 수학과 기초과학 강좌를 비롯해 여러 강좌가 개설되어 있다. 연구기관으로 해운과학연구소가 있고 도서관, 실험실, 실습공장 등을 갖추고 있다.
이 대학 출신의 탈북자로 방영철이 있다. 방영철은 평양 출신으로 나진해운대학에서 항해학을 전공했으며, 이후 북한의 경제 관료로 일을 했다. 1997년 한국으로 귀순했으며, 2000년 대북사업을 하는 기업에 자문을 해주는 ‘평양컨설팅’을 설립했다. 2010년 1월 나선시는 특별시로 승격되었다.