전해지는 바에 따르면 중국 송나라 공주가 태국 왕과 결혼하기 위해 아유타야에 도착하였으나, 아무도 자신을 영접하지 않고 오랫동안 왕을 만나지 못해 자결하였고, 이에 왕이 그 혼을 위로하기 위해 1324년 이 사원을 지었다고 한다.
왓 파난 청은 두 개의 사원, 성전, 중국식 사당 등 4개의 주요 건물로 구성되어있다. 사원 중앙에는 1334년 만들어진 루앙포토(Luang Pho Tho)라 불리는 19m의 큰 불상이 있는데 ‘뱃사람들의 보호자’를 상징하기도 한다. 두 개의 사원에는 마라(Mara)를 굴복시키는 불상과 중국 벽화가 그려져 있다. 2층 건물인 중국 사당에는 문과 창문에 용과 봉황이 그려져 있고, 여신 소이독막(Soi Dok Mak)의 신전이 있다.
1767년 아유타야 멸망 때 훼손되었다가 라마 4세(재위 1851-1868)가 1854년 복원하였지만 1901년 화재로 다시 소실되었다. 1901년 라마 5세(재위 1868-1910)가 다시 복원을 시작하여 1928년 완료하였다. 1963년 세 개의 불상을 복원하는 과정에서 중앙은 금색, 양 옆의 불상들은 검은색으로 옛 모습을 찾았다.