나가사키시(일본어: 長崎市ながさきし, 문화어: 나가사끼시)는 일본 규슈 북서쪽에 있는 도시이다. 나가사키현의 현청 소재지이기도 하며 일본의 국가 핵심 도시로 지정되어 있다.

옛 부터 외국의 관문으로 발전된 항구 도시이다. 에도 시대에는 일본 내에서 유일한 에도 막부 공인의 해외(네덜란드, 중국, 조선)와의 무역을 하던 항구 도시로 그 당시의 자취를 전하는 사적이 다수 존재한다. 일본 최초의 무역항이었던 데지마(出島)에는 네덜란드 상관이 있고, 당인옥부에는 중국인 거류지 유적이 있다. 외국 문화 유입의 영향과 비탈이 많은 거리 풍경 등 일본내 다른 도시와는 다른 경관을 보이고 있다. 또 1945년 8월 9일에 히로시마시에 이어 사상 두 번째로 원자 폭탄 공격을 당한 도시이다.

나가사키 현내 최대 인구를 가진 중심 도시이며, 험한 도시 지형 때문에 시 인구의 78%가 시가지에 거주하며, 시가지의 인구 밀도가 7900명/km ²일 정도로 과밀이다.

한자 표기 長崎市
가나 표기 ながさきし
나라 일본의 기 일본
지방 규슈 지방
도도부현 나가사키현
분류코드 42201-1
면적 405.86 km²
인구 412,643명
(추계인구,2019년 6월 1일)