대한의학회는 의학 발전을 위하여 새로운 학술 또는 기술을 개발하는 학술활동을 지원하고, 회원 상호간의 유대 강화를 도모함으로써 국민보건 향상에 기여함을 목적으로 한다.

1966년 5월 대한의학협회 상임이사회에서 당시 34개 분과학회를 통괄할 기구로 분과학회협의회 구성을 제의하여 그 해 10월 발족되었다. 1967년 4월에 의협의 공식 기구로 인정을 받게 되었으며, 1988년 4월 29일에 분과학회협의회의 명칭을 의학회로 개칭하였다. 2013년 기준 154개 학회를 회원으로 두고 있다.

대한의학회는 의사협회의 의학교육 및 학술진흥사업을 주도적으로 지원하여 왔으며, 의사협회가 주관하고 있는 전문의자격시험 업무의 지원 및 학회조성금 지원, 의학통계 조사사업, 기초의학 진흥 조성, 의학용어 제정사업, 종합학술대회 개최 지원, 졸업 후 의학교육제도 개선 연구, 전공의 교육, 의과대학 교과목 학습목표 제정사업, 의사국가시험 과목 출제기준 작성사업 등을 시행한다.

대한의학회는 학회 운영 활성화 사업, 학회 분류체계 연구, 분쉬의학상 시상, 후지사와 연구장학금 지원, 국제학회 참가여비 보조 및 외국학자 초청여비 보조, 국제의학 심포지엄 개최, 암분야 연구사업(미국 NCI와 공동사업), 학술지 등급 평가사업, 의학 정보계도 사업, 영문잡지(JKMS) 발간, 의학교육자명록 발간 등의 활발한 학술활동을 전개하고 있다.

특히 그동안 관 주도로 시행된 의사국가시험 업무의 민간단체 이관을 적극 추진하여 재단법인 한국의사국가시험원 발족에 기여하였다.