일본이 서울에 설치한 대사관이다. 한국과 일본은 1965년 6월 22일 한일기본조약 및 관련 협정에 서명한 뒤 1965년 12월 18일 한일기본조약과 협정이 발효되는 것과 동시에 상대국에 대사관을 개설했다.

한국은 1876년 강화도 조약을 계기로 일본에 문호를 개방했다. 하지만 일본은 1910년 한일병합조약을 계기로 한국을 식민지화했으며 대한민국 정부가 수립된 이후에도 양국은 외교관계를 갖지 않았다. 그러나 일곱 차례의 회담 끝에 1965년 6월 22일 도쿄(東京)에서 한일기본조약과 한일어업협정, 재일교포 및 법적지위 협정, 청구권 및 경제협력협정, 문화재 및 문화협력 협정에 서명했다. 그 해 12월 18일 한일기본조약과 협정들이 발효돼 양국 사이에 공식 외교관계가 수립됐다.

국교를 수립한 뒤 양국은 1966년 3월 무역협정, 1967년 5월 항공협정, 1970년 10월 이중과세방지협정, 1978년 6월 대륙붕공동개발협정, 1999년 1월 신어업협정 등을 체결했으며 2011년에 들어서는 군사비밀보호협정과 상호군수지원협정의 체결을 추진하고 있다.

국교 수립 이후 양국 정상은 수시로 정상회담을 개최하고 있으며 특히 2005년 6월 10일에는 ‘평화와 번영의 동북아 시대를 위한 한일기반 구축’을 위한 공동성명을 발표하기도 했다. 1967년 8월 도쿄에서 열린 제 1차 한일정기각료회의를 시작으로 두 나라의 협력 증진과 현안 해결을 위해 서울과 도쿄에서 각료들이 만나는 회의를 열고 있으며 1972년 5월 2일에는 양국 의원들의 친목 도모를 위한 한일의원간담회(1975년 7월 10일 한일의원연맹으로 개칭)가 창립됐다. 그러나 고위층의 교류에도 불구하고 양국 사이에는 독도영유권 문제, 일본 역사교과서 왜곡 문제, 동해표기 문제 등 현안이 존재하고 있다.

일본 대사관의 주요 업무는 한국 정부와 정치•경제•사회•문화적 협력, 외교•경제 정보 수집, 수출•통상 진흥, 외교정책 홍보, 문화•학술•체육 교류 협력, 한국 거주 일본 국민의 보호•육성, 국적•호적•여권•비자 업무 등이다. 월요일부터 금요일까지 근무하며 토•일요일과 일본 천황탄신일인 12월 23일, 한국의 국경일 등은 휴무이다.