코타바토(영어: Cotabato City)는 필리핀 민다나오 섬에 위치한 도시로, 면적은 176.00㎢, 인구는 259,153명(2007년 기준)이다. 무슬림 민다나오 자치구의 행정 중심지이지만 소크사르젠 지방에 속하는 주인 마긴다나오 주의 경계 안에 있으며 코타바토 주와는 아무런 관련이 없는 도시이다.