도동서원은 한훤당(寒喧堂) 김굉필(金宏弼) 선생을 기리기 위해 세운 것으로, 고종 8년(1871) 서원철폐령 대상에서 제외된 전국 47개 주요 서원 중의 하나이다.
본래 서원은 선조 원년(1568)에 지방 유림들에 의해 현재 서원이 있는 곳에서 약9km 정도 떨어진 비슬산 동북기슭에 쌍계서원으로 창건되었으나 임진왜란 때 소실된 후 선조 37년(1604) 현 장소인 대니산 기슭에 사우를 중건하고 제당과 다른건물은 한강(寒岡) 정구(鄭逑)와 사림의 협조로 건립한 후 광해군 2년(1610)에 도동서원이라 사액되었다.
서원은 2층 누각인 수월루와 강당인 중정당, 사당을 일직축선상에 배치하고 강당 앞의 좌우에는 동·서재를 두었는데, 기능에 따라 공간을 분화시킨 배치법과 자연의 지세를 그대로 이용하여 위계질서를 배푼 방법 등으로 볼 때 전학후묘(前學後廟) 배치법의 전형을 보여 준다.
행사와 교육의 중심인 강당은 높은 댓돌 위에 세워진 정면 5칸, 측면 2칸반의 주심포 맞배집으로 좌·우 퇴칸은 앞퇴가 있는 1칸씩의 온돌방이고 가운데 3칸은 앞면을 개방한 대청이다. 제사를 담당하는 공간인 사당은 가구식 기단 위에 세운 정면 3칸, 측면 3칸의 중심포 맞배집이며 정면 3칸마다 당판 문짝을 설치하였다. 강당을 둘러싼 담장은 기와를 이용한 맞담으로 매우 아름다우며, 맞담에 설치한 환주문은 그 구성이 특이하다.
도동서원은 불필요한 장식을 삼가고 간소하게 지어진 조선중기 서원 건축의 특징을 잘 보여주는데, 서원 내 강당(중정당)과 사당 그리고 이에 딸린 담장이 유형적 가치를 인정받아 보물 제350호로 지정되어 있고 전면의 신도비, 은행나무 등을 포함한 서원 전역은 사적 제488호로 지정되어 보존·관리되고 있다.