개성공업지구의 관리와 지원은 개성공업지구관리위원회를 중심으로 이루어지고 있다. 남측의 통일부 등 8개 정부 부처로 구성된 남북협력지구지원단, 북측의 중앙특구개발지도총국, 개발업자인 한국토지공사와 현대아산과 유기적인 업무 협조체제를 구축해 입주기업의 생산과 영업 활동을 지원하고 있다.