제주특별자치도와 애경그룹이 공동설립한 민,관합작기업이다. LCC(Low Cost Carrier, 저가 항공사)로는 한성항공에 이은 대한민국 2번째이지만, 부정기 항공운송사업면허를 받은 한성항공과 달리 처음부터 정기 항공운송사업 면허를 받은 정기 항공사로 출범하였다. 정기 항공운송사업 면허는 대한항공과 아시아나항공에 이어 3번째로, LCC 최초로 획득하였다. 2009년 3월 대한민국 내 LCC항공사로는 처음으로 국제선에 취항하였다.

2010년 국내선에서 제주/김포, 제주/김해, 제주/청주 등의 노선에서 총 11,545 편, 약 197만 좌석을 공급하였으며, 국제선에서는 인천/홍콩, 인천/마닐라 노선 등 총 11개 노선에 국제 정기편을 개설하여 총 3,387편을 운항하였다. 2012년 1월 현재 국내 LCC 항공사 중 가장 많은 국제 정기편을 취항하고 있다.

제주항공은 2012년 연내 총 4대의 항공기를 추가로 도입하고 현재 11개인 국제노선도 18개로 대폭 늘려 근거리 국제선에서의 시장 지배력을 강화할 계획이라고 밝혔다.

2012년 9월 14일 11번째 보잉 737-800 기종을 추가로 도입하였다. 이에 28일부터 괌 노선에 취항하며, 국내선 3개 노선에 공급을 늘린다고 밝혔다. 아울러 2012년 하반기에 괌과 필리핀 마닐라 노선을 단계적으로 증편하며, 세부 노선에 취항할 계획이라고 밝혔다.