1975년 비영리 재단법인으로 설립된 서재필기념재단은 현재 필라델피아 시 외곽에 독자적인 건물을 갖고 있으면서 서재필을 기리는 각종 기념사업 뿐만 아니라 일반인을 대상으로 한 의료와 사회봉사, 교육 및 문화사업 등을 활발하게 벌이고 있다. 서재필기념관의 개관도 이 재단의 설립으로 가능했다. 재단의 운영비는 서재필 기념병원에서의 수익금과 회원들의 회비 및 기부금으로 충당되고 있다.