페르가몬 박물관(독일어: Pergamonmuseum)은 베를린의 박물관 섬 안에 위치해 있다. 이곳은 알프레트 메셀과 루트비히 호프만에 의해 설계되었으며, 1910년부터 1930년까지 약 20년에 걸쳐 완공되었다. 내부에는 제우스의 대제단 (또는 '페르가몬 제단')을 비롯한 밀레토스의 시장문, 이슈타르 문 등 기념비적 건축물들이 유적지 현지에서 출토된 그대로 옮겨져, 실제 크기로 재건되어 전시되어 있다. 이에 따라 전시품의 소유권에 관한 국가간 법적 논쟁에 휘말려 있기도 하다.

고대 그리스·로마 유물 및 중동 지역에서 출토된 유물과 이슬람 유물들도 소장하고 있다. 박물관 추산으로 매년 85만명이 방문하고 있으며, 2006년 현재 독일에서 가장 많은 사람들이 방문하는 박물관이다.