주부산일본국총영사관은 1965년 6월 22일 도쿄에서 한일기본조약 조인 직후, 서울에 주대한민국일본국대사관이 개설된 다음해인 1966년 1월 16일에 영사관으로 개설된 후, 같은 해 4월 22일 총영사관으로 승격되었습니다.
개설 당시에는 부산시, 경상남북도, 전라남북도, 제주도를 관할지역으로 하였으나, 그 뒤 부산, 대구, 울산광역시를 포함한 경상도를 관할지역으로 하여 오늘에 이르게 되었습니다.
주부산일본국총영사관은 크게 영사부, 공보문화부, 경제부, 정무부로 나눠 있으며, 영남지역에서의 한일관계 현안에 대한 업무를 하고 있습니다.