조선 500년 말, 서양세력의 강화도 침략에 기인한 척양척화 정책으로 수구파가 득세할 때, 개화파는 가까운 일본과 교류를 추진하고 있었다. 1887년, 부산의 바닷가에 유일한 해변 막사가 한 채 있었는데, 일본과 거래를 하려면 이 막사를 통해야만 일본인들과 무역교류를 할 수 있었다. 명치 유신 9년, 일본황실에서 부산에 불교 정토진종 사찰을 짓게하자, 오오꾸라 재벌이 앞장서서 막사가 있는 이 자리에 동본원사 부산별원이라는 최초의 일본 사찰을 세웠다. 이 내용은 대각사에 소자오딘 범종에 새겨져 있으며 '조선의 일본정책'이라는 책자의 기록과 함께 KBS에서 방영한 대하드라마 '찬란한 여명'에 소개 된바 있다. 이곳은 당시 개화파의 핵심인 유대치(한의사)가 이동인(봉은사스님)의 개화정책을 자문하고, 김옥균, 박영호, 서광범, 윤치호, 서재필 등 개화파 40여 명과 함께 수차에 걸쳐 일본을 내왕하면서 교두보를 마련했던 곳으로, 근대 조선의 개화에 큰 획을 남긴 역사적인 터이다. 해방 후 동본원사 부산별원은 한국정부에 귀속되었는데, 정부 관제국에서 귀속재산 처분을 할 때 이 사찰 땅과건물을 경매 받아 경남불교종무원으로 발족하였다가 3대 원장 김경우 스님(창건주)에 의해 새로이 한국사찰로 창건한 것이 현재 대각사이다. 창건 이전의 유물은 범종과 석등만이 있을 뿐, 대웅전이나 진시사리탑은 후에 지어졌다. 현 대웅전은 중간기둥이 없는 특수한 건축공법의 철근 콘크리트 구조로거 둘래가 300평에 약 1천여명을 수용할 수 있는 대단위 건물이다. 법당 가운데 부처님은 1960년무렵 지리산 광산사에서 모셔온 아미타불(조선초기,15세기)이며, 법당구조는 통법당 형식의 불단으로 배열되어 불교 전통문화의 효과를 높였다. 대각사는 재단법인(불교전통문화원)으로 등록된 시민공찰로서 대중포교의 사찰이며, 소소된 단체로 신도회 및 청년회, 학생회, 어린이회가 있어 도심권 포교와 봉사활동 등의 사회참여 운동을 하고있다. 현재까지 창건주인 고불 경우 큰스님이 조실로 주석하고 있다.