영통사는 고려 태조 왕건이 세운 승복원 자리에 건립한 절이다. 승복원은 태조 왕건이 증조할아버지가 살던 암자를 확장해 직접 지은 절이다. 이 때문에 영통사는 고려 왕실과 깊은 관련을 가지고 있어 인종을 비롯한 여러 왕들이 자주 참배하였던 대찰이었다. 왕실이 주관하는 재(齋)나 기신도량(忌辰道場)을 많이 봉행하였고, 당시에는 인연이 있는 왕들의 진영(眞影)을 모시는 진영각(眞影閣)도 있었다고 한다. 대각국사 의천(義天)은 이곳에서 출가하여 교관(敎觀)을 배우고 천태종을 열었으며, 입적한 후에는 그의 비가 이곳에 건립되었다.

영통사는 16세기 무렵 화재로 소실되어 오래도록 폐사지로 남아 있었다. 1998년 북한이 3년여에 걸쳐 발굴 작업을 시행하였고, 2002년 11월부터 북한이 대한불교천태종과 함께 복원 사업을 시작해 2005년 10월에 29개의 전각을 복원했다.